如何既达到杀菌目的又能使豆奶满足人们的营养和风味要求，需要根据产品特点选择杀菌方法。常用的热杀菌方法有以下几种：
1.低温长时间杀菌法（LTLT）：低温长时间杀菌法是沿用已久的巴氏杀菌法，通常是把豆奶加热到60-70℃保持30分钟，故又称保持式杀菌法。这种杀菌方法可杀死全部致病菌，但其杀菌效果一般只能达到99%以内，对嗜热性细菌以及孢子等不易杀死，部分乳酸菌也能残留下来。
2.高温短时间杀菌法（HTST）：高温短时间杀菌法是快速巴氏杀菌法，采用
80-85℃10-15秒钟，或75-78℃15-40秒钟的杀菌方法，其杀菌效果优于低温长时间的方法，而且对豆奶成分的破坏少，但也不能杀死全部微生物，目的是为了除去致病菌。低温长时间杀菌处理是一个间歇过程，高温短时间杀菌理通常是在板式热交换器中进行，广泛用于热敏性食品的生产，通过这两种方式获得的产品仍含有微生物，贮存与处理的过程需要冷藏。
用以上两种方法杀菌的豆奶一般称为消毒豆奶。有生产和销售鲜牛奶条件的企业，可以生产消毒豆奶。因为生产消毒豆奶可简化生产工艺和包装材料，又不需加入稳定剂、乳化剂等添加成分，使成本大大下降，而且避免了高温杀菌对豆奶质量的损害。
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